主要包括病毒分離、病毒抗原、核酸和抗體檢測。病毒分離為實驗室檢測的“金標準”；病毒的抗原和核酸檢測可以用于早期診斷；抗體檢測可以用于回顧性調查，但對病例的早期診斷意義不大。

病毒核酸檢測：以RT-PCR（最好采用real-timeRT-PCR）法檢測呼吸道標本（咽拭子、鼻拭子、鼻咽或氣管抽取物、痰）中的流感病毒核酸。病毒核酸檢測的特異性和敏感性最好，且能快速區分病毒類型和亞型，一般能在4～6小時內獲得結果。

病毒分離培養：從呼吸道標本中分離出流感病毒。在流感流行季節，流感樣病例快速抗原診斷和免疫熒光法檢測陰性的患者建議也作病毒分離。

病毒抗原檢測(快速診斷試劑檢測)：快速抗原檢測方法可采用免疫熒光的方法，檢測呼吸道標本(咽拭子、鼻拭子、鼻咽或氣管抽取物中的黏膜上皮細胞)。使用單克隆抗體來區分甲、乙型流感，一般可在數小時以內獲得結果。其他還有膠體金試驗，一般能在10～30 min獲得結果。對快速檢測結果的解釋應結合患者的流行病史和臨床癥狀綜合考慮：在非流行期，陽性篩查結果有可能是假陽性；在流行期，陰性的篩選檢測結果可能是假陰性；這兩種情況均應考慮使用RT-PCR或病毒分離培養作進一步確認。

血清學診斷：檢測流感病毒特異性lgM和IgG抗體水平。動態檢測的IgG抗體水平恢復期比急性期有4倍或以上升高有回顧性診斷意義。