1、身份：為國家服務，卻沒有編制。當下推行的鎮村衛生服務管理一體化進程中，村衛生室要接受上級衛生機構對其業務的管理和考核，但村醫身份并沒有改變，仍然是農民，以至于村醫的待遇及養老問題無法解決，而這兩樣不能合理的得到解決，就會導致村醫轉行，后繼無人等問題，大部分村醫不愿意讓自己的兒女繼續從事鄉村醫生工作。

2、養老：我身邊有一位老村醫，做村醫30余年，現在老了，沒有行醫能力了，自己和老伴又都有病，就連自己的醫藥費都成問題！雖然個別地區已經努力解決鄉村醫生的養老問題，但是一個月幾百元很難解決老村醫生活問題。

3、與衛生院的關系：衛生室和衛生院本應是指導的關系，但現在成立上下級的關系。衛生院權力過于集中，濫用職權，即是利益分配者，也是獲得者。

4、村醫醫療風險極大，一旦發生醫療糾紛，主要承擔方是村醫，少則十幾萬，多則幾十萬賠款，高額的賠款即使村醫傾家蕩產也難以承受。村衛生室法人代表不明確，有的地區村衛生室的法人是當地村主任，雖是法人卻不承擔法人的義務與職責，形同虛設。

5、村醫渴望學習，但培訓機會少，多數流于形式，臨床實用技術少，對村醫診療幫助不大，導致村醫不愿意參加培訓。缺少獎勵機制，學不學一個樣，有沒有證也一個樣！具備執業醫師資格與鄉村醫生資格一樣，以及繁重的工作導致村醫沒有時間系統學習，因而大部分村醫不愿意考取執業醫師資格。

6、基藥種類少，質量參差不齊，藥品價格變動導致村醫用藥過于局限。

7、設備單一：基本上還是老三樣：聽診器，血壓計，體溫計，設備的簡單往往導致誤診。

8、工作強度大，24小時待崗，公共衛生壓力大。村醫一人要負責書寫處方，門診日志，門診病歷，消毒記錄，藥品記錄等等多項記錄，還要負責本村的婦幼保健，計劃免疫，健康宣教，各種疾病管理等等。

9、合作醫療補助款發放延遲。補助款被截留，克扣等等現象，根本原因是監管單位與撥款單位是同一個機構，正常應該衛生行政部門只負責監管，村醫的補助應該直接撥到鄉村醫生個人銀行賬戶上。

10、公衛補助款發放延遲甚至克扣。 

11、村民要求上門出診的需求與醫療風險的矛盾。在農村去患者家巡診治療，已經形成一種村醫工作的模式，但出診往往又加大了醫療風險，沒有相關法律對村醫出診進行保護。

12、個別省份健康檔案分配不合理，分配的是衛生院做60%的工作，村醫做40%，但村醫卻干了100%。

13、村醫收入減少：零差價、衛生院惡性競爭至使病源減少、不合理收費（新農合管理系統軟件費用，健康檔案軟件管理費用，包括電腦都需要村醫自己支付。有的村醫反應當地上級管理部門還攤派下來一些藥品，報紙，手機等等。