Hp是胃內最為人所知的一種微生物，卻絕對不是唯一的一種。目前，只有少數研究通過分子生物學方法（如 16S rDNA 測序分析）對胃內微生物群的組成進行了探索。2012年Delgado等首次同時采用分離培養和分子生物學方法對健康人群胃黏膜及胃液標本的微生物群組成（細菌）進行分析，并與鼻腔、口腔、咽喉部及糞便微生物組成進行了對比研究，最終分離培養及焦磷酸測序結果均提示鏈球菌屬、丙酸菌屬、乳桿菌屬屬于胃內的主要細菌屬類，各腔道微生物群經16SrDNA測序分析繪制散點圖 ，其較為清晰直觀地顯示出口腔和咽喉部微生物群組成雖與胃微生物群組成在遺傳信息方面相近但似乎還是有本質上的區別。因此，胃微生物群應是由定植菌組成而不是來源于上部器官微生物的移位。

目前，關于胃微生物群組成的研究資料越來越多，就目前的研究結果來看，健康人群的胃微生物群組成豐富，但個體差異較大，健康狀態下胃內微生物群的主要門類有變形菌門、厚壁菌門、擬桿菌門以及放線菌門等，而胃內最常被發現的細菌屬類是鏈球菌屬。

目前已有研究在不同的胃病中觀察到了人類胃微生物群的改變，包括那些作為Hp胃炎的并發癥而出現的改變。胃是阻止微生物經口進人人體的強大屏障，健康狀態胃內pH低時，胃酸雖然不能殺滅所有的胃內微生物，但可以抑制胃內微生物的生長繁殖。而當Hp的定植侵及胃體導致以胃體為主的萎縮性胃炎出現時，胃酸的分泌水平下降，胃內酸度提高，這將利于各種微生物的生長繁殖。研究顯示，胃內微生物密度及亞硝酸鹽和N—亞硝胺濃度增加與胃內pH升高顯著相關。

目前，關于萎縮性胃炎患者胃內微生物群模式的資料還很稀有。我國有研究報道，更低的胃微生物菌屬數量與更低的血清胃蛋白酶原（PG）I /PG II比值和食管鱗狀上皮異型增生顯著相關。此外，在萎縮性胃炎患者中，有研究觀察到了胃內主要微生物群從普氏菌屬向鏈球菌屬的轉變。因此，可以進一步猜測：Hp也許是主要的，但并不是唯一的導致各種胃疾病發生的微生物因素；除Hp外可能還有其他的微生物在Hp胃炎并發癥的發生中扮演著重要的角色。

抗菌藥物的應用（以抗菌藥物為基礎，而且常為多種抗菌藥聯合應用的Hp根除治療自然也不例外）可損害人體內的微生態平衡，使體內微生物群落發生不同程度的改變。鼠模型實驗和人體實驗結果顯示，抗菌藥物的使用會改變胃腸道微生物群的數量、種類和組成。抗菌藥物相關微生物群損害可以導致許多的臨床表現。與抗菌藥物相關的最常見的消化道不良反應包括腹瀉、惡心、嘔吐、腹脹和腹痛等，這些不良反應可使部分患者不能耐受而中止治療，從而導致治療的失敗，甚至使Hp產生選擇性耐藥。另外，各種抗菌藥物（尤其是克林霉素、氟喹諾酮類、三代頭孢菌素、青霉素類等）的應用是機體發生艱難梭菌感染的主要危險因素之一，而艱難梭菌感染是威脅全球公共健康、導致額外疾病和醫療費用增加的重要原因。

除了上述消化道不良反應等短期的臨床后果，Hp根除治療所誘發的胃腸道微生物群損害還可能對患者產生一些長期的不良影響。鼠模型實驗和人體實驗結果顯示，抗菌藥物誘發的腸道微生物群改變可能會在抗感染治療結束后仍長期持續存在，從而導致一些長期的臨床后果。動物模型實驗結果提示，童年時期抗菌藥物誘發的腸道微生物群損害可長期持久（可持續至成年后）地影響該個體的新陳代謝和體重（超重或體重過輕），以及影響該個體腸道免疫調節相關基因的表達。一些流行病學調查研究亦顯示，早期抗菌藥物暴露與遠期體重和脂肪增加的風險上升之間存在著正相關。

另有研究表明，氟喹諾酮類藥物治療史（含喹諾酮類藥物的Hp根除治療應也不例外）是耐甲氧西林金黃色葡萄球菌（M RS$）和產超廣譜p—內酰胺酶（ESBL）的大腸埃希菌或肺炎克雷伯菌相關感染出現的危險因素。

綜上所述，人類胃內定植微生物群的組成及其與Hp相關疾病的潛在聯系尚需更多設計良好，采用先進、精確檢測技術的大樣本高質量研究進一步予以闡明。而對于不同的Hp根除方案對胃腸道微生物群的確切影響，目前亦缺乏充足、可靠的研究資料將其予以闡述清晰，故此，大規模的Hp根除計劃最好是通過設計良好的臨床研究予以實施，在這些研究中，組織者不僅可以評價相關根除方案的療效，還可以探究根除治療對胃腸道微生物群的影響，同時其他潛在的不良事件和處理根除治療對胃腸道微生物群影響的方法亦可以在這些研究中進行探索。