流感病毒屬于正粘病毒科，為RNA病毒。根據核蛋白和基質蛋白分為甲、乙、丙、丁四型。甲型流感病毒除感染人外，在動物中廣泛存在，如禽類、豬、馬、海豹以及鯨魚和水貂等。乙型流感病毒在人體內循環并引起季節性流行，最近數據顯示海豹也可被感染。丙型流感病毒可感染人類和豬，但感染后癥狀輕微。丁型流感病毒主要影響牛，是否導致人發病并不清楚。

由于流感病毒的基因組是分節段的，故易產生同型不同株間基因重配，同時流感病毒RNA在復制過程中不具有校正功能，其發生突變的頻率要高于其它病毒。

根據其表面血凝素和神經氨酸酶蛋白結構及其基因特性的不同將甲型流感病毒分成許多亞型。到目前為止，甲型流感病毒已發現18個亞型血凝素（H1-18），11個亞型神經氨酸酶（N1-11）。

目前感染人的主要是甲型流感病毒中的H1N1、H3N2亞型及乙型流感病毒中的Victoria和Yamagata系。

流感病毒對乙醇、碘伏、碘酊等常用消毒劑敏感；對紫外線和熱敏感，56℃條件下30分鐘可滅活。