本病以發熱和手、足、口腔等部位出現皮疹、潰瘍等表現為主，個別患者可引起心肌炎、肺水腫、無菌性腦膜腦炎等致命性并發癥。

西藥治療小兒手足口病目前尚無特效藥物，主要是對癥處理，服用維生素B、C、抗病毒藥物(阿昔洛韋、干擾素等)、解熱鎮痛劑等。

阿昔洛韋：治療劑量為20毫克/公斤體重，加入10%葡萄糖液100毫升靜滴，1次/天；或者口服阿昔洛韋5～10毫克/(公斤體重·天)，分3～4次服。

阿昔洛韋作為一種高效廣譜的抗病毒藥物，具有明顯縮短發熱及皮損愈合時間，減輕口腔皰疹疼痛的作用。

更昔洛韋：治療劑量為5～10毫克/公斤體重，加入10%葡萄糖液100毫升靜滴，1次/天，療程3～5天。用藥期間酌情使用抗生素及退熱藥。

研究表明更昔洛韋治療手足口病的療效優于利巴韋林，熱退及皰疹消退的時間顯著短于利巴韋林。但是，更昔洛韋對骨髓的抑制作用及遠期毒副作用尚需進一步研究。

有研究表明使用利巴韋林注射液聯合更昔洛韋治療小兒手足口病效果優于單獨使用上述任一種藥物。

干擾素：治療劑量為100萬單位，肌肉注射，1次/天。有研究表明干擾素聯合中藥制劑如小兒清熱寧治療手足口病具有明顯療效。

利巴韋林：利巴韋林作為抗病毒的常用藥，治療小兒手足口病療效肯定。治療劑量為10毫克/公斤體重，加入10%葡萄糖液100毫升靜滴，1～3次/天，療程3天；或者口利巴韋林含片1/4～1/2片，4次/天。

思密達：思密達的有效成分是八面體蒙脫石微粒，具有層紋狀分子結構，對消化道的病毒、細菌及其產生的毒素有較強的固定、吸附和清除作用，對消化道黏膜有很強的覆蓋能力，能與黏液蛋白相結合，提高黏膜屏障對攻擊因子的防御功能，能促進上皮組織恢復和再生。

對于手足口病的患兒特別是口腔潰瘍嚴重的患兒以適量思密達用溫開水攪成糊狀，4次/天，分別于早、午、晚飯后及睡前涂于口腔潰瘍局部，可明顯縮短小兒口腔潰瘍的愈合時間，未出現明顯毒副作用。且思密達口味香甜，患兒易于接受，值得在臨床推廣使用。

中醫認為本病屬中醫“濕溫”、“時疫”等范疇。病因為濕熱疫毒，多因內蘊濕熱，外受時邪，留于肺、脾、心三經而成。外邪自口鼻而入，侵襲肺、脾二經，肺主皮毛，故初期多見肺衛癥狀，如發熱、流涕、咳嗽；脾主四肢，開竅于口，手足口受邪而為水皰，口舌生皰疹、潰瘍。

如有人采用以清熱解毒、清心瀉脾為主的清熱瀉脾散共治療50例，痊愈36例，有效13例，無效1例，痊愈率72%，總有效率98%。

清熱瀉脾飲服用更為方便，金銀花、蒲公英、黃芩各10克，連翹9克，野菊花、赤芍、大青葉各12克，石膏15~30克。兼高熱有肝風內動者加羚羊角、蟬蛻；兼心火熾盛者，合導赤散；若大便秘結者加大黃、生地黃、苡仁；兼陰虛者加麥冬、知母；兼風熱犯肺者加桑葉、苦杏仁。每日1劑，水煎分2次服。

恢復期熱退或微熱，皰疹逐漸消退，胃納欠佳等，此乃余邪未盡，治宜理脾助運，兼以清化。處方谷芽、生意苡仁各15克，蟬蛻6克，鉤藤、淡竹葉各9克，甘草5克。每日1劑，水煎分2次服。使用本方應注意病中即止，以防過用苦寒易傷脾胃，即在熱漸退、皮疹縮小、其他兼癥緩解時改用理脾助運兼以清化之藥物，務使祛邪不傷正，邪去正安。

食療可用鮮荷葉2張，白米50克，將荷葉切碎，煮粥吃。也可用竹葉20片，燈芯10根，扁豆15克，滑石6克，加少許糖，煎水喝。

有人以自制銀翹導赤散治療本病76例，治愈58例，有效16例，無效2例，有效率為97.37%。藥方中銀花甘寒，善清肺經熱邪；黃芩苦寒，善清肺熱及上焦實熱；連翹苦微寒，長于散上焦風熱，有清熱解毒之功；導赤散瀉心利尿，引熱下行；麥冬清熱生津；加用三葉青、生石膏苦寒，增強清熱作用；加用蟬蛻、鉤藤、燈心草瀉心平肝；食積停滯加焦山楂、麥芽、神曲、雞內金消食助運。應用該方加減施治本病，療效快，療程短。