藥物可通過改變胃腸粘膜上皮細胞的結構或影響腸運動，刺激或抑制消化腺分泌或者中和胃酸，并影響胃腸的血流和淋巴流，導致消化道運動、腺體分泌等功能障礙，影響營養物質的消化吸收，引起胃腸道不良反應。常用會產生胃腸道不良反應的藥物有：
一、解熱消炎鎮痛藥：如阿司匹林、布洛芬、對乙酰氨基酚、吡羅昔康、甲芬那酸、吲哚美辛、保泰松、索米痛片、感冒通等。 二、降血糖藥：如甲苯磺丁脲、鹽酸苯乙雙胍、鹽酸二甲雙胍、阿卡波糖等。 三、抗菌藥：如紅霉素、阿奇霉素、羅紅霉素、克林霉素、林可霉素、氨芐西林、阿莫西林、頭孢菌素類、喹諾酮類、甲硝唑、伊曲康唑、制霉菌素、咪康唑、氟康唑等。 四、抗精神病藥：如氯氮平、氯丙嗪、氯普塞噸、奮乃靜、苯巴比妥、阿米替林、卡馬西平、多塞平、丙咪嗪等。 五、抗腫瘤藥：此類藥物最常見的藥品不良反應為消化系統不良反應。 六、抗酸劑/H2受體阻滯劑：如奧美拉唑、氫氧化鋁、西咪替丁等。 七、中藥：如雷公藤、斑蝥、云南白藥及藥酒、考來烯胺、降膽寧等。 八、非嗎啡類強效鎮痛藥：如曲馬多。
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