1、阿莫西林：奧美拉唑提高胃液pH，可增強阿莫西林對幽門螺桿的殺菌活性。
2、四環素、伊曲康唑：奧美拉唑提高胃液pH，降低四環素、伊曲康唑的吸收。 3、克拉霉素：奧美拉唑和克拉霉素均可抑制肝藥酶，合用時兩種藥物的濃度都增加，在根除幽門螺桿菌時有協同作用。 4、氯吡格雷：奧美拉唑抑制氯吡格雷代謝為活性產物，可降低氯吡格雷的療效，增加血栓不良事件。 5、地高辛：奧美拉唑升高胃液pH，使地高辛較少轉化為活性物，可減弱地高辛療效，注意調整地高辛劑量。 6、鐵劑：奧美拉唑的抑酸作用可降低鐵劑的吸收。 7、甲氨蝶呤：奧美拉唑可抑制腎臟的H+-K+·ATP酶，抑制甲氨蝶呤的主動分泌，可增加甲氨蝶呤的毒性。 8、催眠藥：有報道應用三唑侖、勞拉西泮或氟西泮期間，給予奧美拉唑可致步態紊亂，停用一種藥即可恢復正常。另有研究表明奧美拉唑可使地西泮清除率降低。 9、胰酶：可提高胰酶的生物利用度，合用可增強胰酶療效。 10、亞硝酸鹽：奧美拉唑抑制胃酸，使胃內細菌總數增加。合用可使亞硝酸鹽轉化為致癌性亞硝酸。聯用維生素C或維生素E，可能限制亞硝酸化合物形成。
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