對于病情單純的，僅用一種中成藥即可，但對于復雜病情，數病相兼，就需要選擇兩種或兩種以上的中成藥配合使用，以便起到更好的治療效果。但由于中成藥組方復雜，并非所有中成藥都能聯合使用，幾種中成藥聯用時同樣存在一些容易被忽視的配伍禁忌，此時不建議聯用。
“十八反”、“十九畏”中的藥物應屬于配伍禁忌，原則上是禁止同時使用的。
例如病人素有風寒濕痹證，近期又有外感，出現咳嗽痰喘等癥狀，需配伍應用中成藥時就要特別注意。
臨床常用治療風寒濕痹的大活絡丸、尪痹顆粒、祛風止痛膠囊、強力天麻杜仲膠囊等中成藥含有草烏或附子，而常用的止咳化痰藥川貝枇杷糖漿、羚羊清肺丸、通宣理肺丸、復方鮮竹瀝液等分別含有川貝、浙貝、半夏，根據配伍禁忌原則，若將上述兩類藥聯合使用當屬相反禁忌。
又如，由于甘草在中成藥中較為常用，當與含相反成分的其他中成藥聯用時更易被忽視，如臨床常用中成藥心通口服液中含有海藻，祛痰止咳顆粒含有甘遂，若與橘紅痰咳顆粒、通宣理肺丸、鎮咳寧膠囊等含甘草的中成藥聯用也屬“十八反”禁忌。
此外，臨床常用利膽中成藥益膽片、膽樂膠囊、膽康膠囊、膽寧片以及治療腫瘤的平消膠囊等都含有郁金，蘇合香丸、紫雪散等含有丁香，郁金和丁香具有“十九畏”藥物的配伍禁忌，所以上述藥物不宜同用。
如這幾種抗感冒藥：正柴胡飲、感冒清熱沖劑、感冒軟膠囊、維C銀翹片。
- 正柴胡飲、感冒清熱沖劑、感冒軟膠囊均主治外感風寒，有解表退熱等功效。
- 正柴胡飲、感冒清熱沖劑均含有柴胡，若重復用藥，會加大柴胡用量，可出現手、腳、面浮腫。
- 感冒清熱沖劑、感冒軟膠囊均含有荊芥穗，荊芥穗本身發散力較強，重復用藥，使荊芥穗中的揮發油含量增加，揮發油可興奮汗腺，發汗過猛、過急，使體弱患者無法承受，導致病情加重。
又如，川芎茶調顆粒和正天丸不能聯用，一個重要原因是兩者均含有川芎、細辛、防風，為重復用藥，尤其細辛在臨床用量應“不過錢”，聯合用藥易致過量，其揮發油可引起心律紊亂、呼吸窘迫、神志昏迷等不良反應。
含有毒成分的中成藥不在少數，如果只根據病情選用藥物而不了解處方組成，易導致有毒成分的蓄積，產生不良反應，嚴重者還可以引起中毒。
例如大活絡丹與天麻丸兩藥均含有附子，如合用則加大了烏頭堿的攝入量，增大了不良反應的幾率，而出現運動麻痹、心律紊亂、阿斯綜合征等不良反應。
又如臨床常用朱砂安神丸、天王補心丹治療失眠，如將兩藥合用會增加有毒藥味的服用量。因其均含有朱砂，其毒性成分為汞，過量或長期服用后輕者可出現惡心嘔吐、頭昏倦怠的不良反應，重者可導致腎功能衰竭。
再如病人咽喉腫痛，既用牛黃解毒片，又用六神丸或喉癥丸。這幾種藥里都含有雄黃，如合用，其有毒成分砷的用量在無意中加大了2～3倍，后果可想而知。
因此，要嚴格控制有毒中成藥的用法用量，保障用藥安全。
有些中成藥的組成成分在同用時，可能相互發生作用，帶來不良反應。
含麻黃的中成藥如感冒軟膠囊忌與牛黃降壓片（丸）、復方降壓片等降壓中成藥及擴張冠脈的中成藥如速效救心丸、補心氣液等聯用。因麻黃堿能興奮腎上腺素能神經而使心跳加快，心肌收縮力增強，心輸出量增加，血管收縮，血壓升高。
另外，含朱砂的中成藥如磁朱丸、柏子養心丸、安宮牛黃丸、蘇合香丸等與含較多還原性溴離子或碘離子的中成藥如治癲靈片、雙紅抗喘片、消癭順氣丸等長期服用，在腸內會形成有刺激性的溴化汞或碘化汞，導致藥源性腸炎。
無論怎樣，醫生在給患者開處方時，請熟悉掌握其組成成分、用法用量及配伍禁忌，避免錯誤聯用。
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