隨著磷酸氯喹在臨床上的使用，醫學家們研究發現它還具有阻止病毒暴露出遺傳物質、干擾病毒復制，阻止病毒釋放的作用，前些年把它用于SARS及MERS的治療就是利用了它的抗病毒作用。

一是抑制冠狀病毒與人體白細胞ACE2受體結合，從而抑制病毒的侵入。二是提高紅細胞內PH值，從而阻斷冠狀病毒復制環境條件。三是具有免疫調節作用，可減少免疫病理性損害。

近期，通過幾省份十余家醫院聯合開展關于磷酸氯喹對于新冠肺炎治療的安全性和有效性評價，發現它無論從重癥化率、退熱現象，還是肺部影像好轉時間、病毒核酸轉陰時間和轉陰率，以及縮短病程等一系列指標，進行系統地綜合研判，用藥組優于對照組。

2月19日，國家衛健委將磷酸氯喹納入《新型冠狀病毒肺炎治療方案（試行第六版）》，方案中指出了磷酸氯喹的使用方法：成人500mg，每日兩次，療程不超過10天。

2月29日，國家衛健委下發通知，對磷酸氯喹的使用劑量、適用人群、禁忌癥和相對禁忌癥、使用過程中注意事項作了詳細說明。

一是強調磷酸氯喹用于新冠肺炎治療適用于18～65歲的患者，并根據患者體重差異化調整磷酸氯喹的用法用量。二是明確使用禁忌癥和相對禁忌癥。三是提出使用過程中的注意事項。明確要求做好磷酸氯喹不良反應監測和報告工作，切實保證用藥安全。

3月3日，新型冠狀病毒肺炎治療方案（試行第七版）》肯定了磷酸氯喹在治療新冠肺炎中的地位，并對它的使用方法作了細化：18-65歲成人。體重大于50公斤者每次500mg，每日兩次，療程7天；體重小于50公斤者，第一、第二天每次500mg，每日2次，第三至第七天每次500mg，每日1次。

磷酸氯喹是通過對最古老的抗瘧藥奎寧的結構優化改造而來的，由于它療效好，不良反應較奎寧小而幾乎取代了奎寧，廣泛應用于惡性瘧、間日瘧及三日瘧的治療及預防性抑制瘧疾發作，其特點是起效快、療效高、作用持久，通常用藥后24~48小時內臨床癥狀消退，48~72小時血中瘧原蟲消失。

后來又陸續地發現了它的抗腸外阿米巴病外用及免疫抑制作用，有時候臨床上用它治療類風濕關節炎、系統性紅斑狼瘡等病就是利用了它的免疫抑制作用。

臨床上磷酸氯喹治療瘧疾病時療程短，一般僅需三天，治療腸外阿米巴病需要3周的中療程，治療類風濕性關節炎需要數周至數月的療程。

作為一種老藥，臨床上對磷酸氯喹的不良反應了解得較為全面，一般出現的反應有：

頭暈、頭痛、眼花、食欲減退、惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉、皮膚瘙癢、皮疹甚至剝脫性皮炎、耳鳴、煩躁，口服治療瘧疾時用藥量少、療程短、反應輕、停藥多可自行消失；治療腸外阿米巴病及用作免疫抑制劑使用時用藥量大、療程長，可能會出現較重的反應；對聽力的損害導致耳聾，偶爾引起竇房結的抑制，導致心律失常、休克、嚴重的可出現阿-斯綜合征，甚至死亡；對血液系統損害可出現白細胞減少、粒細胞減少、血小板減少、再障等；妊娠期婦女服用可導致小兒先天性耳聾、智力遲鈍、腦積水、四肢缺陷等，因此孕婦嚴禁使用。