PPI治療可能增加骨質疏松相關骨折（髖骨、腕骨或脊柱）的風險，與劑量、療程相關。

接受高劑量（定義為每日多次給藥）和長期（1年或更久）PPI治療者，骨折風險增加，主要是發生在老年人或存在其他已知風險因素者中。

建議根據情況使用最低劑量和最短療程的PPI治療。

對預計需使用PPI 1年以上，尤其用量>1次/d最高劑量者，需同時進行抗骨質疏松癥藥物治療，并定期監測骨密度。對有骨質疏松相關骨折風險者，應根據相關治療指南接受治療，且服用適量的維生素D和鈣劑。

接受PPI治療至少3個月（絕大多數治療1年后）者，罕見無癥狀和有癥狀的低鎂血癥、重度低鎂血癥報道。低鎂血癥的嚴重臨床表現如衰竭、疲乏、強直、譫妄、驚厥、手足抽搐、頭暈、室性心律失常和癲癇發作，開始時往往不明顯，易被忽略。對大多數者，糾正低鎂血癥需補鎂并停用PPI，低鎂血癥可得到改善。

預期需延長PPI治療或有合并用藥如地高辛或可能致低鎂血癥的藥物（如利尿劑），需在給予PPI治療前和治療期間定期監測血鎂濃度。

使用PPI治療時可能會致胃腸道感染風險輕微升高，如沙門氏菌、彎曲桿菌感染，此外，PPI治療可能會增加艱難梭菌相關性腹瀉的風險，尤其是住院者。若腹瀉不改善，應考慮該診斷，應根據情況使用最低劑量和最短療程的PPI治療。

免疫功能缺陷或有慢性基礎病的老年者，需權衡PPI長期治療的獲益和風險，當有致命性的腸道感染，無緊急抑酸治療的適應癥時，應中斷PPI治療。

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