大便呈酸性且還原物陽性：提示碳水化合物消化吸收不良，多為滲透性腹瀉。

大便中脂肪檢測(cè)：＞8滴/低倍鏡視野，提示脂肪吸收不良。

大便微生物檢測(cè)：顯微鏡下檢測(cè)隱孢子蟲卵囊、藍(lán)氏賈第鞭毛蟲、溶組織阿米巴原蟲；大便細(xì)菌培養(yǎng)包括志賀菌屬、沙門菌屬、空腸彎曲菌屬、侵襲性大腸桿菌、產(chǎn)氣莢膜桿菌等致瀉細(xì)菌；大便中致病病原的抗原檢測(cè)。

隱孢子蟲的檢測(cè)：HIV感染中晚期患者易引發(fā)隱孢子蟲感染。常為持續(xù)性霍亂樣水瀉。病情持續(xù)數(shù)周至數(shù)月，甚至遷延，危及生命。

呼吸試驗(yàn)：1~3h內(nèi)陽性提示被測(cè)試者糖吸收不良，1h內(nèi)出現(xiàn)陽性提示小腸細(xì)菌過度生長(zhǎng)。

鈣衛(wèi)蛋白：炎性腸病的敏感指標(biāo)。

上消化道內(nèi)鏡檢查可取黏膜標(biāo)本：用于診斷乳糜瀉、微絨毛包涵體病、過敏性腸病、克羅恩病、賈第鞭毛蟲病（原蟲滋養(yǎng)體緊貼于絨毛表面）等；

收集空腸液進(jìn)行成分分析：診斷胰腺外分泌功能異常和膽汁酸異常所致慢性腹瀉病；

黏膜進(jìn)行雙糖酶檢測(cè)（乳糖酶、蔗糖酶、麥芽糖酶、異麥芽糖酶）診斷雙糖消化吸收不良。

結(jié)腸鏡檢查：可診斷克羅恩病、潰瘍性結(jié)腸炎和感染所致腹瀉等。

膠囊內(nèi)鏡檢查：可提高乳糜瀉的診斷率，檢出一部分引起慢性腹瀉的小腸病變，以小腸潰瘍、增殖病變、小腸息肉、小腸畸形多見。

食物血清特異性抗體檢測(cè)、皮膚點(diǎn)刺試驗(yàn)和血清特異性食物IgE。

D-木糖（D-Xylose）吸收試驗(yàn)：反映小腸吸收功能。